allensdk.model.biophysical package

Submodules

• allensdk.model.biophysical.run_simulate module
  • RunSimulate
    • RunSimulate.load_manifest()
    • RunSimulate.nrnivmodl()
    • RunSimulate.simulate()
  • main()
• allensdk.model.biophysical.runner module
  • load_description()
  • prepare_nwb_output()
  • run()
  • run_sync()
  • save_nwb()
• allensdk.model.biophysical.utils module
  • AllActiveUtils
    • AllActiveUtils.generate_morphology()
    • AllActiveUtils.load_cell_parameters()
  • Utils
    • Utils.generate_morphology()
    • Utils.get_recorded_data()
    • Utils.load_cell_parameters()
    • Utils.nearest_neuron_sampling_rate()
    • Utils.read_stimulus()
    • Utils.record_values()
    • Utils.setup_iclamp()
    • Utils.update_default_cell_hoc()
  • create_utils()

Module contents