allensdk.internal.morphology package

Submodules

• allensdk.internal.morphology.compartment module
  • Compartment
• allensdk.internal.morphology.morphology module
  • Morphology
    • Morphology.APICAL_DENDRITE
    • Morphology.AXON
    • Morphology.BASAL_DENDRITE
    • Morphology.NODE_TYPES
    • Morphology.SOMA
    • Morphology.append()
    • Morphology.apply_affine()
    • Morphology.apply_affine_only_rotation()
    • Morphology.change_parent()
    • Morphology.children_of()
    • Morphology.clone()
    • Morphology.compartment()
    • Morphology.compartment_list
    • Morphology.convert_type()
    • Morphology.delete_tree()
    • Morphology.find()
    • Morphology.get_dimensions()
    • Morphology.node()
    • Morphology.node_list
    • Morphology.node_list_by_type()
    • Morphology.num_nodes
    • Morphology.num_trees
    • Morphology.parent_of()
    • Morphology.save()
    • Morphology.soma_root()
    • Morphology.sparsify()
    • Morphology.strip_all_other_types()
    • Morphology.strip_type()
    • Morphology.stumpify_axon()
    • Morphology.to_dict()
    • Morphology.tree()
    • Morphology.write()
• allensdk.internal.morphology.morphvis module
  • MorphologyColors
    • MorphologyColors.set_apical_color()
    • MorphologyColors.set_axon_color()
    • MorphologyColors.set_basal_color()
    • MorphologyColors.set_soma_color()
  • calculate_scale()
  • create_image()
  • draw_density_hist()
  • draw_morphology()
• allensdk.internal.morphology.node module
  • Node
    • Node.from_dict()
    • Node.short_string()
    • Node.to_dict()
  • euclidean_distance()
  • midpoint()
• allensdk.internal.morphology.validate_swc module
  • TestNode
  • main()
  • resave_swc()
  • validate_swc()

Module contents